全书共分为14章，以微生物发酵工业生产过程为主线，全面系统地介绍了微生物工程的概念、历史渊源、微生物工程的相关学科、工业微生物菌种选育和保藏、工业发酵培养基设计、微生物的代谢调控和代谢工程、生物反应动力学、发酵工艺控制、发酵过程的参数监测和自动控制、好氧发酵工艺与设备、厌氧发酵工艺与设备、灭菌工程、空气除菌工艺原理与设备、微生物下游工程概论、发酵工业的清洁生产、发酵经济学和微生物工程生产实例等内容。